Knihovna Václava Havla byla na popud byznysmena Zdeňka Bakaly založena 26. července 2004 ve formě obecně prospěšné společnosti, inspirována americkou tradicí prezidentských knihoven. K roku 2011 se podle oficiálních stránek jednalo o jediný takový projekt na evropském kontinentu.

Účelem knihovny je sbírání a shromažďování všech materiálů (obrazových, zvukových i písemných) a dalších artefaktů a myšlenek dramatika, disidenta a posledního československého a prvního českého prezidenta Václava Havla za účelem jejich digitalizace, dokumentace a výzkumu a propagace této osobnosti. Knihovna organizuje přednáškovou činnost, uskutečňuje konference, pořádá edukativní akce pro střední školy a podílí se na vydávání publikací. V září 2015 se ředitelem se stal Michael Žantovský, programovým ředitelem je spisovatel a novinář Jáchym Topol.

Na jaře 2011 představil Zdeněk Bakala plán přesunout sídlo knihovny do domu U Drahomířina sloupu na Loretánském náměstí (Hradčany) po plánovaných úpravách italského architekta Ricarda Bofilla.

Uhelný baron Zdeněk Bakala je vlastníkem domu, koupil jej s deklarovaným úmyslem vybudovat zde sídlo Havlovy knihovny. Většina původních nájemníků se na Bakalův popud a za finanční kompenzaci z domu odstěhovala, jediný Bohumil Vejtasa se odstěhovat odmítl, na místo toho po několika necitlivých zásazích do domu podal žalobu proti územnímu rozhodnutí o přístavbě a přeměně historického domu na polyfunkční objekt. Městský soud Vejtasovi vyhověl a zrušil část územního plánu. Kromě toho nařídil magistrátu, aby znovu otevřel a zrevidoval řízení o umístění stavby.

Proti těmto verdiktům směřovala stížnost Zdeňka Bakaly. Ústavní soud ale stížnost odmítl, jak plyne z publikovaného usnesení senátu. V rozhodování justice totiž nezjistil žádné porušení Bakalových základních práv. Po několika letech zdržení se tak termín dokončení přestavby historického domu na pražských Hradčanech odkládá na neurčito.